Les membres des organes de décision du SEBC n’agissent pas en qualité de représentants nationaux, mais en toute indépendance.
Dans l'exercice des pouvoirs et l’accomplissement des missions qui leur ont été transférées, ni la BCE, ni une BCN, ni un membre quelconque de leurs organes de décision ne peuvent solliciter ni accepter d'instructions d'un organe extérieur. Les institutions et organes communautaires ainsi que les gouvernements des États membres s'engagent à ne pas chercher à influencer les membres des organes de décision de la BCE ou des BCN dans l'accomplissement de leurs missions.

La stabilité de la fonction des gouverneurs des BCN et des membres du directoire est assurée par les mesures suivantes :
- un mandat d'une durée au moins égale à cinq ans pour les Gouverneurs ;
- un mandat non renouvelable d'une durée de huit ans pour les membres du directoire (les mandats ont été échelonnés pour les membres du premier directoire autres que le président, afin d'assurer la continuité de cet organe) ;
- un gouverneur ne peut être relevé de ses fonctions que s'il ne remplit plus les conditions nécessaires à l'exercice de ses fonctions ou s'il a commis une faute grave.

Ce statut d'autonomie était l'un des préalables à la création de l"UEM et figurait dans les étapes énumérées dans le traité de Maastricht. Les banques centrales nationales sont devenues indépendantes dès 1994 et la BCE a remplacé l'Institut monétaire européen en 1998 avant la mise ne place de l'euro.

L'indépendance de la BCE est présentée comme la condition de la réussite de ses missions en particulier pour la lutte contre l'inflation. Il s'agit de séparer l'objectif de stabilité des prix, transformé en règle absolue, des autres objectifs de politique économique. La politique monétaire cesse d'être un outil de politique économique à la disposition des gouvernements, elle est l'instrument qui permet de garantir la valeur de la monnaie au plan interne.