Après avoir quitté Milet, Pythagore se rendit à Sidon, en Phénicie où il rencontra les descendants du prophète Môkhos qui l'initièrent aux Mystères à Tyr et à Byblos. Faisant retraite dans le temple du Mont Carmel, la montagne du Seigneur Élie, il accomplit son premier miracle en franchissant un précipice de la montagne pour rejoindre un navire au pied de la montagne, qui le mènera en Égypte.

Reçu à Saïs par le pharaon Amasis, il passera vingt-deux ans dans ce pays où il sera initié aux Mystère de Diospolis (Thèbes) et à la doctrine de la résurrection d'Osiris ; les prêtres lui auraient appliqué sur la cuisse le disque ailé d'Atoum-Râ, en feuille d'or, ce qui lui vaudra le surnom de Pythagore chrysomère, i.e. "à la cuisse d'or".

Prisonnier de Cambyse lors de la conquête de l'Egypte en -525, Pythagore sera conduit en Chaldée où il apprendra des Mages, durant douze années, la doctrine des nombres et la musique.

Il aurait vécu dix ans en Perse après la chute de l'imposteur Smerdis. Il aurait même été jusqu'en Inde où il aurait rencontré le Bouddha.