La théorie est construite sur l'hypothèse de la concurrence pure et parfaite (petites unités, information parfaite, absence depouvoir de marché.

Il est clair qu'en concurrence imparfaite les prix ne correspondent pas aux coûts puisque les vendeurs disposent d'un pouvoir de marché. Ainsi la théorie ne s'appliquerait pas pour une grande variété de produits qui relèvent à l'évidence de marchés imparfaits. Tout dépend en fait de la nature et de l'ampleur des imperfections de la concurrence. Lorsqu'il y a, comme souvent, un petit nombre de vendeurs, que les marchés sont oligopolistiques ou mieux qu'il s'agit de marchés contestables (liberté d'entrée et de sortie sans coût) les avantages comparatifs retrouvent un rôle explicatif.