Le SEBC est dirigé par trois instances, le Conseil des gouverneurs, le Directoire et le Conseil général. Les rôles de chacun sont précisés ici.
Les membres des organes de décision du SEBC n’agissent pas en qualité de représentants nationaux, mais en toute indépendance. Dans l’exercice des pouvoirs et l’accomplissement des missions qui leur ont été transférées, ni la BCE, ni une BCN, ni un membre quelconque de leurs organes de décision ne peuvent solliciter ni accepter d’instructions d’un organe extérieur. Les institutions et organes communautaires ainsi que les gouvernements des États membres s’engagent à ne pas chercher à influencer les membres des organes de décision de la BCE ou des BCN dans l’accomplissement de leurs missions.
C’est l’Eurosystème qui accomplit les missions conférées par le traité au SEBC tant qu’il existe des pays ne faisant pas partie de la zone euro.

L’objectif principal du SEBC est de maintenir la stabilité des prix.

Le SEBC poursuit cependant d’autres objectifs énoncés dans l'article 2 du traité sur l’Union européenne autorisant les responsables du SEBC peuvent s’ils estiment que cela ne fait courir aucun risque inflationniste conduire une politique monétaire favorable au soutien de la croissance économique de la zone euro. L’expérience des 10 premières années de fonctionnement montre qu’il faut des circonstances exceptionnelles comme la crise bancaire de 2009 pour que cette possibilité soit envisagée.
La BCE n’a aucun objectif précis en matière de politique du taux de change, elle peut intervenir ou non, dans les variations de la valeur de l’euro relativement aux autres monnaies. Là encore l’expérience donne une indication sur la stratégie monétaire adoptée, puisque depuis 2000, jamais la BCE n’est intervenue pour modifier le taux de change euro contre dollar.
Comme toutes les Banques Centrales, la BCE doit aussi assurer des fonctions monétaires et financières techniques : conduire les opérations de change ; détenir et gérer les réserves officielles de change des pays de la zone euro ; promouvoir le bon fonctionnement des systèmes de paiement ; autoriser l’émission de billets de banque dans la zone euro ; contribuer au contrôle prudentiel des établissements de crédit et la stabilité du système financier...